Ферменты, спроектированные с помощью системы RFdiffusion3, выполнили заданные химические реакции в лабораторных экспериментах. Исследователи описали результаты в статье в журнале Science. Отличие системы от прежних версий — возможность задавать положение отдельных атомов при проектировании белка.
RFdiffusion3 строит новые белковые структуры с учётом ограничений, которые задают исследователи: положения атомов в месте будущей реакции, условий образования водородных связей и расположения определённых атомов внутри белка. Для представления одной аминокислоты система использует до 14 атомов. Такой подход позволяет точнее описать активный участок фермента — часть белка, где происходит химическая реакция.
Команда сравнила RFdiffusion3 с RFdiffusion2 на 41 активном участке существующих ферментов. По результатам исследователей, новая система показала лучший результат в 37 случаях и генерировала белковые структуры примерно в десять раз быстрее. Спроектированные с её помощью ферменты для расщепления параоксона и пептидов выполнили ожидаемые реакции в экспериментах.
Как отмечает IT Home, RFdiffusion3 открыли для доступа ещё 3 декабря 2025 года. Новая публикация подробно описывает устройство системы и результаты её проверки.
Источник: IT Home.
